根据实施方案明确的治理目标，到2018年底，直辖市、省会城市、计划单列市建成区黑臭水体消除比例高于90%，基本实现长制久清。到2019年底，其他地级城市建成区黑臭水体消除比例显著提高，到2020年底达到90%以上。鼓励京津冀、长三角、珠三角区域城市建成区尽早全面消除黑臭水体。
住建部城建司副司长杨海英15日在黑臭水体治理攻坚战新闻通气会上说，城市黑臭水体治理，必须要按照流域、系统、统筹考虑，若是仅仅就水治水，很容易就会反弹。水体出现黑臭反弹的原因包括控源截污不到位，管网建设历史欠账多，水体被人为拆分整治，水体、管网等设施的日常维护管理不到位等。
生态环境部水生态环境司副巡视员郭鹏在通气会上介绍了两部门5至7月联合进行的城市黑臭水体整治专项督查情况。督查发现，尽管城市黑臭水体整治工作取得初步阶段性进展，但整体进展情况和整治效果参差不齐，部分城市在黑臭水体整治过程中还存在急功近利和形式主义的表现。
实施方案明确了“控源截污、内源治理、生态修复、活水保质”的技术路线和治理工程要求。强调严格考核问责，城市政府主要负责人是第一责任人，制定城市黑臭水体治理部门责任清单、考核办法，将考核结果作为领导干部综合考核评价、干部奖惩的重要依据，对于在城市黑臭水体治理中表现突出的单位和个人，给予表扬和奖励。
实施方案指出要强化监督检查，生态环境部与住建部每年开展一次地级及以上城市黑臭水体整治环境保护专项行动，加强监管，按照排查、交办、核查、约谈、专项督察“五步法”，实行“拉条挂账，逐个销号”式管理。
