据介绍，左右江流域在广西这座生态宝库中具有极其特殊的地位和重要作用，是珠江水系的重要水源区，物种资源丰富、生态系统多样、生态本底良好、民族风情浓郁。但工程实施区域发展和保护的矛盾突出、生态环保历史遗留问题多、脱贫任务重，诸多生态问题亟待解决。因此，该工程以“保护优先”为基本思路，将改变以往“头痛医头，脚痛医脚”的老路，系统设计、统筹布局，以清水产流机制修复为理论指导，以保障流域生态健康为主线，对现实影响流域生态健康、潜在威胁流域生态健康的问题进行一一识别和分析，设计了流域水环境保护与污染综合整治工程、土地整治与土壤改良工程、石漠化防治和水土流失治理工程、矿山生态修复工程、生态系统和生物多样性保护工程5大类工程共计31个子项。
该工程设计既着眼于解决当前突出问题，又注重长远健康状态的保持;既考虑生态保护的需要，又注重百姓生计，力求走出保护和修复相结合、局部和系统相协调、山水林田湖草各要素相照应、环保与发展相促进的生态保护与修复新路，提高左右江流域生态系统健康保护水平，创新生态保护修复机制，深化生态文明建设，为广西边疆地区与全国同步建成全面小康社会提供坚实的绿色保障。
