（2）为尽量减少微生物死亡，施用过程中应避免阳光直射；拌种时加水要适量，使种子完全吸附。拌种后要及时播种、覆土，且不可与农药、化肥混合施用。
（3）一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
（4）微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动。因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
（5）微生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作等措施，以保持土壤疏松、通气良好。
（6）微生物活动需要消耗能量。有机质是微生物的主要来源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料。
（7）微生物生长需要多种养分。因此，必须供应充足的氮、磷、钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率等。
