建立生态保护补偿相关制度，是实施空间规划的重要保障。《意见》明确，将以“三区三线”为依据，强化生态保护，确定生态补偿重点领域，分别建立森林保护补偿制度、草原保护补偿制度、湿地保护补偿制度、荒漠保护补偿制度、水源地保护补偿制度，探索建立耕地保护补偿制度，开展流域上下游横向生态保护补偿试点。
为确保生态保护补偿各项制度落到实处，《意见》提出将建立一套科学合理的工作机制。其中包括，建立生态保护红线管控机制，对在生态保护红线内从事生产经营的企业、居住生活的农户以及其他影响生态环境的主体进行有计划、分批次逐步退出，严格禁止不符合主体功能定位的新增开发建设行为出现在生态保护红线区内;建立稳定的投入机制，整合中央和自治区生态保护资金，加大对重点生态功能区的支持力度;建立生态保护成效与资金分配挂钩的激励约束机制，对生态环境质量明显改善或恶化的地区，增加或扣减转移支付资金。
