一、科属不同
1、黄连：黄连为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、毛茛目、毛茛科、唐松草亚科、黄连族、黄连属多年生草本植物。
2、岩黄连：岩黄连为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、罂粟目、罂粟亚目、罂粟科多年生草本植物。
二、形态不同
1、黄连：黄连根状茎呈黄色，常分枝，密生多数须根，叶基徨，坚纸质，卵状三角形，三全裂，中央裂片卵状菱形，羽状深裂，边缘有锐锯齿，侧生裂片不等2深裂，叶柄长5-12厘米，2-3月开花，4-6月结果。
2、岩黄连：岩黄连高15-40厘米，主根发达。茎1-3条，丛生，软弱，叶具长柄，叶片轮廓三角状卵武艺有，二回羽状全裂，总状花序顶生或与叶对生，长7-14厘米，苞片椭圆形至披针形，蒴果圆柱状，略弯曲，种子多数，圆形，种阜杯状，包住种子一半。
三、功效区别
1、黄连：黄连性寒，味苦，无毒，归心、肝、脾、胆、胃、大肠经，具有清热燥湿、泻火解毒等功效，主湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、黄疽、高热神昏、心火亢盛、心烦不寐、血热吐衄、目赤、牙痛，消渴、痈肿疗疮等症，外治湿疹、湿疮、耳道流脓等。
2、岩黄连：岩黄连味苦，性凉，归胃、大肠经，具有清热、解毒、利湿、止痛、止血等功效，主肝炎、口舌糜烂、火眼、目翳、痢疾、腹泻、腹痛、痔疮出血等症。
